COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 26.568913 26.568913 29.408773
2021-01-11 17:00:00 29.450333 29.450333 29.523083
2021-01-10 17:00:00 29.517471 29.517471 29.712274
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 29.821240
2021-01-08 17:00:00 30.836470 30.836470 29.974612
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.079704
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 29.968030

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 22.157434 22.157434 26.856293
2021-01-11 17:00:00 30.379747 30.379747 26.915077
2021-01-10 17:00:00 27.900797 27.900797 26.824021
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 26.791637
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 27.519234
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 28.106757
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.061740

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 27.586207 27.586207 23.758126
2021-01-11 17:00:00 50.967742 50.967742 23.447630
2021-01-10 17:00:00 22.784810 22.784810 23.265862
2021-01-09 17:00:00 18.404118 18.404118 23.209334
2021-01-08 17:00:00 23.467862 23.467862 23.462634
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 23.369292
2021-01-06 17:00:00 24.676851 24.676851 23.226809

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 9.928230 9.928230 14.095732
2021-01-11 17:00:00 17.786561 17.786561 14.148820
2021-01-10 17:00:00 14.872727 14.872727 14.034451
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 14.116047
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 14.289222
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.612759
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 14.302637

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 14.990942 14.990942 18.557460
2021-01-11 17:00:00 16.073678 16.073678 18.629262
2021-01-10 17:00:00 12.259074 22.680786 18.516228
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 18.545839
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 18.509617
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 19.144702
2021-01-06 17:00:00 9.308348 21.287206 18.865714

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 43.561873 43.561873 45.507983
2021-01-11 17:00:00 55.327635 55.327635 45.640299
2021-01-10 17:00:00 48.539177 48.539177 44.713463
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 45.379798
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 45.929758
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 45.367417
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 44.580099

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 31.545588 31.545588 38.882467
2021-01-11 17:00:00 39.324619 69.934641 37.758118
2021-01-10 17:00:00 38.814994 38.814994 36.336676
2021-01-09 17:00:00 44.911504 28.008850 36.104845
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 35.858873
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 35.668804
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 36.015777

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 28.206699 28.206699 29.500146
2021-01-11 17:00:00 25.968109 25.968109 29.652361
2021-01-10 17:00:00 34.021824 34.021824 29.584957
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 29.669666
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 29.546659
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 29.452685
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 29.269861

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 18.145957 18.145957 25.809863
2021-01-11 17:00:00 25.167038 25.167038 26.259853
2021-01-10 17:00:00 34.888060 34.888060 26.732559
2021-01-09 17:00:00 37.491091 19.672131 27.465767
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 28.466537
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 29.569785
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 30.752126

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 21.285290 21.285290 30.878255
2021-01-11 17:00:00 28.483920 28.483920 31.021908
2021-01-10 17:00:00 33.367378 33.367378 31.265744
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 31.497550
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 31.860151
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 32.383908
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 32.297821

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 14.200341 14.200341 15.071178
2021-01-11 17:00:00 28.931364 9.476380 15.156629
2021-01-10 17:00:00 18.467742 18.467742 15.479340
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 15.696496
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 16.114150
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 16.479664
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 16.775939

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 8.275862 8.275862 8.296135
2021-01-11 17:00:00 10.080645 10.080645 8.772765
2021-01-10 17:00:00 12.187160 7.088332 8.842052
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 8.953571
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 8.945521
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 9.183978
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 9.077452

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 24.384236 24.384236 38.147161
2021-01-11 17:00:00 35.310734 35.310734 37.687959
2021-01-10 17:00:00 55.508475 55.508475 38.391508
2021-01-09 17:00:00 48.780488 18.998716 38.782595
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 39.303908
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 40.021258
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 40.347105

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 48.247423 48.247423 40.414275
2021-01-11 17:00:00 44.230769 47.772277 41.203428
2021-01-10 17:00:00 63.419118 33.363971 41.026050
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 40.701200
2021-01-08 17:00:00 49.689441 20.779221 41.555771
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 41.973766
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 42.138660

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 29.993342 29.993342 34.676712
2021-01-11 17:00:00 32.239280 32.239280 34.905800
2021-01-10 17:00:00 33.896159 33.896159 35.332646
2021-01-09 17:00:00 41.483888 41.483888 35.700268
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 36.076546
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 36.684511
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 36.830560

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 29.305136 29.305136 31.655001
2021-01-11 17:00:00 22.454874 22.454874 31.389177
2021-01-10 17:00:00 52.938497 52.938497 31.604686
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 31.183473
2021-01-08 17:00:00 27.181140 27.181140 32.285182
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 32.858217
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 33.038016

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 30.763473 17.685026 13.384083
2021-01-11 17:00:00 12.157895 12.157895 13.212853
2021-01-10 17:00:00 13.473590 13.473590 13.187187
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 13.181326
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 13.108456
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 12.998875
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 12.625141

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 29.681924 29.681924 29.648568
2021-01-11 17:00:00 30.726041 30.726041 29.492777
2021-01-10 17:00:00 33.604809 33.604809 29.306509
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 29.032006
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 28.715053
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 28.548868
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 28.029439

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 11.503417 11.503417 15.431802
2021-01-11 17:00:00 18.398058 18.398058 15.537479
2021-01-10 17:00:00 11.459092 17.359323 15.413829
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 15.715292
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 15.849534
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 16.017305
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 16.001323

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 15.495087 15.495087 19.178366
2021-01-11 17:00:00 26.486486 4.375000 18.735237
2021-01-10 17:00:00 33.771353 33.771353 19.110262
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 18.607145
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 18.767330
2021-01-07 17:00:00 43.537415 43.537415 19.141392
2021-01-06 17:00:00 24.282715 24.282715 19.781494

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 8.092486 13.583815 22.062873
2021-01-11 17:00:00 29.347826 29.347826 22.295530
2021-01-10 17:00:00 35.185185 35.185185 22.820450
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 22.903570
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 22.414766
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 22.522326
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 22.111569

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-12 17:00:00 52.926587 52.926587 63.447470
2021-01-11 17:00:00 61.602011 61.602011 66.559155
2021-01-10 17:00:00 56.727749 56.727749 68.165305
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 69.867418
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 71.358802
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 72.747337
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 73.841995

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 22.157434 22.157434 26.856293
Basilicata 27.586207 27.586207 23.758126
Calabria 9.928230 9.928230 14.095732
Campania 14.990942 14.990942 18.557460
Emilia-Romagna 43.561873 43.561873 45.507983
Friuli Venezia Giulia 31.545588 31.545588 38.882467
Lazio 28.206699 28.206699 29.500146
Liguria 18.145957 18.145957 25.809863
Lombardia 21.285290 21.285290 30.878255
Marche 14.200341 14.200341 15.071178
Molise 8.275862 8.275862 8.296135
P.A. Bolzano 24.384236 24.384236 38.147161
P.A. Trento 48.247423 48.247423 40.414275
Piemonte 29.993342 29.993342 34.676712
Puglia 29.305136 29.305136 31.655001
Sardegna 30.763473 17.685026 13.384083
Sicilia 29.681924 29.681924 29.648568
Toscana 11.503417 11.503417 15.431802
Umbria 15.495087 15.495087 19.178366
Valle d'Aosta 8.092486 13.583815 22.062873
Veneto 52.926587 52.926587 63.447470

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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